En den späten 1930er Jahren beginnen die Weltpolitik in eine gefährliche Richtung zu steuern. In Europa erweitert und rüstet Deutschland auf und annektiert mehrere Grenzländer in das Reich. In der Zwischenzeit versucht Italien unter Mussolini ein faschistisches Kolonialreich zu etablieren, während das Kaiserreich Japan bereit steht für einen großen Krieg mit China.
Die Familie Henry tritt auf den Plan, angeführt von dem Marineoffizier Victor "Pug" Henry. "Winds of War" verfolgt somit die Abenteuer von Pug und seinen Kindern, die alle vor dem Hintergrund der Weltgeschehnisse bis zum japanischen Angriff auf Pearl Harbor im Jahr 1941 stattfinden.