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Zwei Jahre nach den Ereignissen von Kamen Rider Kuuga hat ein junger Mann namens Shouichi Tsugami keine Erinnerung an seine Vergangenheit oder die Ereignisse, die zu seinem Gedächtnisverlust geführt haben. Gleichzeitig haben Kreaturen namens Lords (vermutlich die „Unbekannten“, gegen die Kuuga gekämpft hat) bestimmte Leute ohne wirklichen Grund ins Visier genommen. Shouichi verwandelt sich ohne Grund in Kamen Rider Agito, um die Lords zu besiegen und das Geheimnis um seine Fähigkeiten und seine Vergangenheit zu lüften.