Die Geschichte von Kanashii iro yanen handelt von einem jungen Mädchen namens Hana, das in einer kleinen Stadt in Japan lebt. Sie ist ein einsames Kind, das von den anderen Kindern in der Schule gemobbt wird.
Eines Tages trifft Hana auf einen mysteriösen Fremden, der behauptet, ein Zauberer zu sein. Er bietet ihr an, ihr zu helfen, sich an denen zu rächen, die sie gequält haben. Hana willigt ein und wird in die Welt der Magie eingeführt.
Als Hana beginnt, ihre neuen Kräfte zu nutzen, merkt sie schnell, dass Rache nicht der richtige Weg ist. Sie lernt, dass Vergebung und Mitgefühl der Schlüssel zum Glück sind. Am Ende der Geschichte entscheidet sich Hana, den Weg der Güte zu gehen und die Vergangenheit hinter sich zu lassen.