Cowabunga, Alter! Die Turtles sind zurück. Leonardo, Donatello, Raphael und Michelangelo sind vier mutierte Schildkröten, die von ihrem Sensei Master Splinter in der Kunst des "Ninjutsu" ausgebildet wurden. Die Zeichentrickserie erforscht ihre Kameradschaft, während sie lernen, sich aufeinander zu verlassen, das Geheimnis ihrer Existenz zu lüften und sich zu den Helden auszubilden, zu denen sie bestimmt sind. Und das alles, während sie versuchen, Master Shredder zu besiegen, einen alten Feind von Splinter, der eine seltsame Gruppe von Ninjas trainiert, während er sich in New York City versteckt. Als sie sich in der Oberflächenwelt befinden, werden die Turtles in eine Verschwörung verwickelt, an der außerirdische Kreaturen, Roboterdroiden und vermisste Wissenschaftler beteiligt sind. Und sie treffen auf die leuchtend grüne Substanz, die sie ursprünglich mutiert hat.