Im späten 19. Jahrhundert wurde das Britische Empire zu einer Weltmacht. Aufgrund der strikten Klasseneinteilung hat der Durchschnittsbürger kaum eine Chance, erfolgreich an die Spitze aufzusteigen, wo der verachtenswerte Adel über sie alle herrscht. William James Moriarty, der zweite Sohn des Moriarty-Haushalts, ist ein junger Mathematikprofessor, der seit seiner Kindheit große List und Intellekt bewiesen hat. Zusammen mit seinen Brüdern Albert und Louis führt er das einfache Leben eines Adligen. Außerhalb der Schule ist William ein bekannter privater Berater, der bereit ist, die Probleme aller Bedürftigen zu lösen. Sein sanftes Auftreten täuscht jedoch über seine Position als Anführer einer Gruppe hinweg, die bereit ist, bei der Verfolgung ihres Verlangens Chaos anzurichten – eine neue Welt, die aus der Asche der alten gebaut wurde. Yuukoku no Moriarty gibt Arthur Conan Doyles Originalwerk eine neue Wendung, indem es den Hauptgegner ins Rampenlicht rückt und untersucht, wie er zum ersten und einzigen "Kriminalberater" wurde.