Drugstore Girl es la historia de Keiko Obayashi, una estudiante de química que descubre a su novio con otra mujer en la bañera, por lo que decide dejar Tokio en tren y termina en Masao.
En Masao, Keiko consigue un trabajo en una farmacia recién abierta. Cinco hombres mayores de otras tiendas locales están preocupados por la nueva farmacia que amenaza su negocio, y planean derribar el nuevo establecimiento.
Sin embargo, todo cambia cuando conocen a Keiko y se enamoran de ella. Los hombres se interesan cada vez más en ella y descubren que juega lacrosse en la universidad. Deciden practicar en secreto para impresionar a Keiko con sus habilidades en el lacrosse y ganarse una cita con ella.
Un día, Keiko los ve practicando y acepta entrenarlos, creando el equipo "Geronimo". Un equipo de América eventualmente vuela a Masao para un partido. A pesar de ser derrotados, Geronimo se convierte en el héroe al anotar el único punto del equipo.
A través de esta experiencia, los personajes llegan a aceptarse a sí mismos y sus acciones, aprendiendo lecciones valiosas en el camino.