En Shelter, la historia sigue a un joven llamado Rin, quien vive en un mundo post-apocalíptico donde la Tierra ha sido devastada por una misteriosa catástrofe. Rin es un superviviente solitario que lucha por sobrevivir en un entorno hostil y desolado.
Un día, Rin se encuentra con una niña llamada Hana, quien también está sola y desamparada. A pesar de sus reservas iniciales, Rin decide cuidar de Hana y juntos emprenden un viaje en busca de un lugar seguro, un refugio donde puedan encontrar paz y protección contra los peligros que acechan en el mundo exterior.
A lo largo de su travesía, Rin y Hana enfrentan numerosos desafíos y peligros, pero también encuentran momentos de esperanza y solidaridad. A medida que se acercan a su destino, descubren que el verdadero shelter no es solo un lugar físico, sino también un estado de ánimo y un sentido de pertenencia que encuentran el uno en el otro.