Shirou Emiya es una joven maga que asiste a la Academia Homurahara en la ciudad de Fuyuki. Un día después de limpiar el Dojo de Tiro con Arco en su escuela, vislumbra una pelea entre seres sobrehumanos, y se involucra en la Guerra del Santo Grial, un ritual donde los magos llamados Maestros luchan entre sí con sus Sirvientes para ganar el Santo. Grial. Shirou se une a la batalla para evitar que un malhechor gane el Grial y salvar a personas inocentes, pero todo sale mal cuando una misteriosa "Sombra" comienza a matar indiscriminadamente a personas en Fuyuki.