En Harmonium, Toshio y su esposa Akie llevan una vida tranquila en las afueras de Tokio. Un día, un viejo amigo de Toshio, Yasaka, llega a la ciudad en busca de trabajo y la pareja decide darle un empleo en su pequeña empresa de fabricación de cajas metálicas.
La presencia de Yasaka comienza a perturbar la armonía familiar, especialmente cuando se revelan secretos oscuros de su pasado. La relación entre Toshio y Yasaka se vuelve cada vez más tensa, lo que desencadena una serie de eventos que pondrán a prueba la lealtad y la moral de los personajes.
Con un giro inesperado, Harmonium explora temas de culpa, redención y la fragilidad de las relaciones humanas en un drama intenso y emocionante.