En el año 2039, la humanidad encontró una fuente de energía pura, limpia e infinitamente reciclable conocida como Shizuma Drive. Ha cumplido bien su propósito, hasta ahora. Big Fire, una organización del inframundo loca por el poder, ha encontrado una manera de hacer inoperables todos los Shizuma Drives. Afortunadamente, una rama de InterPol, conocida como Peritos de Justicia, ha descubierto este esquema. Ahora solo Daisaku Kusama, un joven miembro experto, debe controlar Giant Robo para luchar contra los males de Big Fire.