En Good Morning Call, Nao Yoshikawa es una estudiante de secundaria que se ve obligada a compartir un apartamento con el chico más popular de la escuela, Hisashi Uehara, debido a un error en la reserva de vivienda. A pesar de sus diferencias, deciden mantener en secreto su convivencia para evitar problemas con sus compañeros de clase.
Con el tiempo, Nao y Hisashi comienzan a desarrollar una relación más cercana, enfrentando juntos los desafíos de la vida cotidiana y descubriendo sus sentimientos el uno por el otro. Sin embargo, su romance se ve amenazado por la presencia de otros pretendientes y los obstáculos que se interponen en su camino.
Entre situaciones cómicas, momentos románticos y conflictos emocionales, Good Morning Call narra la historia de dos jóvenes que luchan por mantener su amor a pesar de las adversidades que enfrentan en su entorno escolar y personal.