Una especie alienígena llamada Worms amenaza la ciudad después de que un meteorito se estrellara contra Shibuya hace siete años. Una organización llamada ZECT ha estado desarrollando zecters que pueden convertir a sus usuarios en jinetes enmascarados para luchar contra los gusanos. Uno de los jinetes es Tendou Souji, quien logra ser elegido por el Kabuto Zecter y jura matar a todos los Gusanos que de otra manera amenazan a la humanidad.