La Legión de Superhéroes del siglo XXXI viajó de regreso al siglo XXI temprano para intentar encontrar a Superman para obtener ayuda contra un poderoso grupo de super villanos en su era. Desafortunadamente, viajaron demasiado lejos y en lugar de encontrar a un joven Clark Kent que aún no había asumido su identidad de Superman. Llevándolo de regreso a su futuro, Clark abraza su destino y ayuda a la Legión en la lucha contra el mal como Emerald Empress y en la defensa de las leyes de los Planetas Unidos antes de poder regresar a su propio tiempo.
Un nuevo comienzo para la Legión en la segunda temporada del programa. Con Clark regresando al siglo XXI y comenzando su papel como el Hombre de Acero, la Legión se da cuenta de que todavía necesitan a Superman dentro de sus filas. Entra en escena un misterioso kryptoniano del siglo XLI, que parece ser el clon de Superman, llega al siglo XXXI para ayudar a la Legión.