En Macross Zero, la historia se sitúa en el año 2008, en medio de una guerra entre la U.N. Spacy y los Anti-UN. Durante una misión de reconocimiento, el piloto Shin Kudo se encuentra con una misteriosa isla en el Pacífico Sur. En esta isla, descubre la existencia de una antigua civilización y un prototipo de Valkyrie, un mecha transformable.
Shin se ve envuelto en una serie de eventos que lo llevan a descubrir la verdad detrás de la guerra y el papel de la isla en el conflicto. Además, conoce a Sara Nome, una joven que guarda un secreto relacionado con la isla y la civilización perdida.
A medida que la historia avanza, Shin y Sara se ven envueltos en una lucha por la supervivencia y la paz, mientras intentan desentrañar los misterios de la isla y su conexión con la guerra. Macross Zero es una historia de acción, intriga y romance que explora temas como la guerra, la tecnología y la naturaleza humana.