En Maria Watches Over Us, la historia sigue a Yumi Fukuzawa, una joven estudiante que es invitada a unirse al consejo estudiantil de la Academia Lillian Girls, una prestigiosa escuela católica para niñas en Tokio. Allí, Yumi conoce a Sachiko Ogasawara, una estudiante de segundo año y miembro de la noble familia Ogasawara, quien la elige como su "petite soeur" o hermana pequeña.
La relación entre Yumi y Sachiko se desarrolla a lo largo de la serie, explorando temas como la amistad, la lealtad y el amor. A medida que Yumi se adentra en el mundo de la Academia Lillian Girls, descubre secretos y rivalidades entre las diferentes rosas, grupos de estudiantes liderados por una "Rosa Gigante" que representan diferentes virtudes.
Con la ayuda de Sachiko y otras compañeras, Yumi aprende a navegar por las complejidades de la vida estudiantil en la Academia Lillian Girls, mientras se enfrenta a sus propias dudas e inseguridades. A lo largo de la serie, Maria Watches Over Us explora temas como la identidad, la familia y la aceptación, ofreciendo una mirada conmovedora y reflexiva sobre la vida de estas jóvenes estudiantes.