Mr. India narra la historia de Arun Verma, un huérfano que dedica su vida adulta a criar a niños huérfanos en una casa donde tiene dificultades para llegar a fin de mes y cubrir los gastos de vida.
El criminal internacional y contrabandista, Mogambo, quiere utilizar su casa para almacenar armas y municiones, por lo que le da un plazo para desalojarla. Arun decide entonces buscar un inquilino llamado Seema Sohni, una periodista local, para ocupar el piso superior de la casa.
Los hombres de Mogambo deciden presionar a Arun para que se vaya atacándolo a él y a los niños. El amigo del padre de Arun, el Profesor Sinha, le presenta un dispositivo que lo hace invisible. Arun lo prueba y se vuelve invisible, tomando el nombre de "Mr. India".
Se vuelve popular al ayudar a las personas que sufren injusticias, pero solo Jugal sabe quién es en realidad. La situación se complica cuando uno de los niños de Arun es asesinado y los demás, junto con Seema, son secuestrados por Mogambo.
Mogambo amenaza con arrojarlos a un pozo de ácido si "Mr. India" no se presenta. Arun debe tomar una decisión que no ponga en peligro la vida de sus seres queridos ni la de la gente de la India, mientras el tiempo corre en su contra.