Esta película se centra en el nuevo Pokémon Celebi, un insecto vegetal único en su tipo cuyos únicos parientes son celebridades de otros momentos. La película comienza en el pasado, donde un joven llamado Sam intenta salvar a Celebi de un cazador. En un esfuerzo recíproco, Celebi usa su poder y se transporta a sí mismo y a Sam al presente, el tiempo de Ash Ketchum. Sam y Ash se vuelven buenos amigos mientras luchan para salvar a Celebi del nuevo villano del Team Rocket, el Merodeador enmascarado de hierro y su bola oscura, que convierte a los Pokémon en malvados y aumenta sus poderes al máximo. Sin embargo, un pokémon raro no está a salvo sin la ayuda de otro, por lo que entra en Suicune, también conocido como el Viento del Norte.