En Princess Toyotomi, la historia sigue a un joven llamado Ryota que trabaja en una librería en Tokio. Un día, una mujer llamada Saeko entra en la tienda y le pide ayuda para encontrar un libro sobre su abuelo, un soldado japonés que estuvo estacionado en la isla de Kakeroma durante la Segunda Guerra Mundial.
Ryota se siente intrigado por la historia de Saeko y decide ayudarla en su búsqueda. Juntos, descubren que el abuelo de Saeko era un amigo cercano del príncipe heredero de Japón, el Toyotomi Hideyoshi. A medida que profundizan en la historia, Ryota y Saeko se ven envueltos en una conspiración que involucra a antiguos enemigos del príncipe y secretos enterrados durante décadas.
La trama se complica aún más cuando Ryota y Saeko descubren un antiguo artefacto que podría cambiar la historia de Japón para siempre. Con la ayuda de un grupo de amigos, los dos se embarcan en una peligrosa aventura para proteger el legado del príncipe Toyotomi y desentrañar los misterios de su pasado.