Una empresa maderera y minera que trabaja en el norte de Japón interrumpe un conjunto de sellos mágicos enterrados bajo tierra, provocando la liberación de Death Ghidora, un enorme monstruo de tres cabezas que anteriormente había aniquilado toda la vida en Marte y provocó la extinción de los dinosaurios en la Tierra. . Cuando Death Ghidora comienza a succionar la vida del medio ambiente, lo único que puede salvar al planeta de la destrucción es Mothra, el insecto volador gigante.