Shinobi III ve el regreso del ninja Joe 'Shinobi' Musashi (tú) pateando el trasero de un chico malo, en este caso su viejo enemigo 'Neo Zeed'. En el estilo normal de Shinobi, se te presentan campos de batalla de desplazamiento lateral que debes atravesar con tajos y shuriken para encontrarte con el jefe final de cada ronda.