¡Un encuentro fuera de lo común con un extraño exudado alienígena muta a cuatro tortugas mascotas comunes, Leonardo, Rafael, Miguel Ángel y Donatello en máquinas verdes que hablan, caminan y luchan! Juntos, estos hermanos entrenan con la legendaria rata sensei, Splinter, para dominar el arte marcial de Ninjitsu. En este cuento verdaderamente impulsado por las tortugas, las tortugas de una dimensión se encuentran con las tortugas de otra dimensión cuando ocurre un percance de teletransportación. ¿Qué diablos está pasando? ¡Juntas, las tortugas deben ubicar el Tecnódromo para arreglar este lío! Mientras tanto, Shredder rastrea a su contraparte, Ch'rell, quien diseña un plan maestro para viajar de regreso al Universo Prime y deshacerse de las tortugas de una vez por todas. A medida que los mundos chocan, las tortugas se enfrentan cara a cara con personajes clásicos como Casey y April, y una gran cantidad de enemigos, incluidos Krang, Hun, los soldados de infantería, los dragones morados, Bebop y Rocksteady.