Ally McBeal et Billy Thomas étaient ensemble depuis leur enfance. Ally a même suivi Billy à l'école de droit de Harvard malgré son manque d'intérêt pour le droit. Mais lorsque Billy a choisi de poursuivre une carrière en droit loin d'Ally, leur relation a pris fin.
Dans le présent, un ancien camarade de classe d'Ally nommé Richard Fish lui offre un emploi dans son cabinet d'avocats, où Billy et sa nouvelle femme travaillent également. Cela met Ally dans une situation délicate car elle a toujours des sentiments pour Billy qu'elle s'efforce de surmonter.
Au bureau, Ally doit supporter une secrétaire curieuse et commère nommée Elaine, et un avocat excentrique nommé John Cage qui ne semble jamais perdre un procès. À la maison, l'amie et colocataire d'Ally, Renée, lui donne régulièrement des conseils sur sa vie amoureuse.
La série suit les épreuves et tribulations d'Ally dans la vie à travers ses yeux, et caricature ses pensées et fantasmes personnels.