CSS Hunley raconte l'incroyable histoire vraie de l'équipage du sous-marin à propulsion manuelle CSS Hunley, pendant le siège de Charleston de 1864. C'est une histoire d'héroïsme face à l'adversité, le Hunley étant le premier submersible à couler un bateau ennemi dans temps de guerre. Il raconte également le côté humain de l'histoire, relatant le tempérament inhabituel et extraordinaire des 9 hommes qui ont conduit les Hunley dans l'histoire et sont morts vaillamment en accomplissant cet exploit.