Alien Nation: Millennium est un film de science-fiction qui se déroule dans un futur proche où la Terre a été colonisée par une race extraterrestre appelée les Newcomers. Ces extraterrestres ont été intégrés à la société humaine, mais ils font toujours face à la discrimination et au racisme.
Le film suit l'histoire de deux détectives, un humain et un Newcomer, qui enquêtent sur une série de meurtres mystérieux. Ils découvrent rapidement qu'il s'agit d'un complot visant à déclencher une guerre entre les humains et les Newcomers.
Alors que la tension monte entre les deux races, les détectives doivent travailler ensemble pour déjouer le complot et empêcher une catastrophe imminente. Leur partenariat improbable est mis à l'épreuve alors qu'ils luttent pour sauver leur monde de la destruction.