L'année est UC 0153. Le conflit entre la Fédération de la Terre et Zeon est terminé depuis longtemps, et la majorité de l'humanité a migré vers les colonies spatiales. Même le siège de la Fédération a été déplacé dans l'espace. Seule une poignée d'humains vivent encore sur la planète. La Fédération de la Terre s'est affaiblie, permettant à l'empire de Zanscare, né dans l'espace, de prendre le pouvoir. Le fanatiquement religieux Zanscare commence à conquérir la Terre, et la faible Fédération est incapable et même peu disposée à faire quoi que ce soit à ce sujet. Seule la League Militaire, un groupe de résistance composé principalement des Earthnoids restants, et sa dernière arme - le Victory Gundam - font obstacle à l'empire de Zanscare. Uso Ewin, un garçon de 13 ans, prend les commandes du Victory Gundam dans cette série, faisant de lui le plus jeune héros de toutes les séries Gundam à ce jour.