En la costa oeste de Inglaterra en 1765, un joven llamado Jim Hawkins vive con su madre en una pequeña posada de campo que administran. El Capitán William Bones, un enfermo inquilino y marino mercante, le da a Hawkins un mapa del tesoro después de ser visitado por dos piratas, el segundo de los cuales (y que también tiene una gran cicatriz en la cara) le da al capitán una nota marcada con la mancha negra. Esa misma noche, Bones es encontrado muerto en la posada, y Jim muestra el mapa al Squire Trelawney. Trelawney reconoce el mapa como perteneciente al difunto pirata bucanero Capitán Flint y financia un viaje para descubrir el tesoro perdido del pirata. Trelawney contrata al Capitán Smollett y su barco, el Hispaniola, llevando a su amigo el Dr. Livesey como médico del barco y a Jim como grumete.
Antes de la partida, Trelawney es engañado por Long John Silver, un posadero y cocinero cojo, que acepta reunir una tripulación. Silver entabla amistad con Jim y se une a la expedición como cocinero del barco. Smollett está preocupado por la tripulación, especialmente cuando revela a Trelawney que la naturaleza de su viaje es de conocimiento común.
En el mar, Jim escucha el plan de Silver y la tripulación para amotinarse, descubriendo que los marineros contratados por Silver son la antigua tripulación de piratas del Capitán Flint (Silver trabajó como cocinero a bordo del barco de Flint). Jim revela la traición a Smollett, quien le pide a Jim que siga siendo amigo de Silver para aprender más. Al llegar a la Isla del Tesoro, Silver se ofrece a remolcar el barco a un fondeadero más seguro, utilizando dos de los botes del barco. Mientras el barco es remolcado, uno de los hombres de Silver, Merry, lidera un motín en el barco. Smollett, habiendo sido advertido del complot por Jim, logra contenerlos con los pocos hombres leales a él e encierra a los amotinados debajo de cubierta.
Silver corta los botes del Hispaniola y se dirige a la costa con el resto de sus hombres, tomando a Jim como rehén. Smollett, Trelawney y Livesey desembarcan tras ellos, dejando a dos guardias en el barco. En la isla, Jim escapa y se encuentra con Ben Gunn, un marinero desaliñado abandonado por Flint en la isla hace cinco años. Gunn le muestra a Jim el bote que ha construido, luego lo lleva al fuerte de Flint, donde se encuentra con Smollett y los demás.
Mientras tanto, Merry escapa, toma el barco y iza la bandera de la calavera y los huesos cruzados. Silver regresa al Hispaniola, arma a sus hombres con mosquetes y hace planes para tomar el fuerte. Corto de hombres, Silver intenta negociar con Smollett, pero al ser rechazado, Silver llama a sus hombres para atacar. El asalto al fuerte fracasa con muchos de los piratas muertos y heridos, pero Silver dispara y hiere a Smollett antes de retirarse.
Esa noche, Jim toma el bote de Gunn y corta la cuerda del ancla del Hispaniola. Jim también presencia a dos hombres de Long John Silver discutiendo, lo que lleva a que uno de ellos mate al otro. El guardia pirata, Israel Hands, descubre a Jim y lo persigue hasta la jarcia del barco. Hands hiere el brazo de Jim con un cuchillo arrojadizo, pero es asesinado por el niño con su pistola, quien luego cae al agua. Jim iza la bandera de la calavera y los huesos cruzados.
Ralentizado por su herida, le lleva toda la noche regresar al fuerte, que está desprotegido. Dentro, Jim busca al doctor para que le atienda la herida, pero el hombre dormido bajo el abrigo de Livesey es Long John Silver, cuyos hombres han tomado el fuerte. Jim se desmaya en el acto. Silver encuentra el mapa del tesoro en él mientras sus hombres despiertan. Merry quiere que Jim muera, pero Silver declara que quiere intercambiarlo por el mapa, que sus hombres creen que está con Smollett. Los hombres salen afuera a votar, al estilo pirata, mientras Silver atiende a Jim y le cose la herida.
Los hombres le dan a Silver la mancha negra, pero él se opone. Nervioso, le permiten negociar con Livesey por el mapa. Silver regresa con Jim, mostrando el mapa. Long John Silver guía a sus hombres a través del bosque y los campos usando el mapa para localizar el lugar oculto del tesoro. Cuando llegan al sitio y comienzan a cavar, los piratas están felices hasta que descubren que el tesoro (700,000 libras esterlinas) no está allí. Los piratas se vuelven contra Silver, quien logra matar a tres de ellos antes de que aparezcan los hombres de Smollett para matar al resto. Saludando a Silver, Gunn revela que él es quien desenterró el tesoro de Flint años atrás y lo ha escondido en una cueva.
Después de que Gunn muestra el tesoro compuesto por monedas de oro y plata en varios cofres, el Capitán Smollett aún quiere que Silver sea llevado de regreso para ser juzgado en Inglaterra. Jim Hawkins, el Squire Trelawney y otros dos marineros leales llevan a Silver al Hispaniola a bordo de un bote cargado con un cofre de tesoro. Silver arrebata la pistola de Jim y obliga a Trelawney y a los demás a salir del bote. Quiere que Hawkins dirija mientras él rema, pero Jim encalla el bote en su lugar. Silver ordena a Hawkins que lo empuje, pero Jim se niega y Silver amenaza con dispararle. Silver no puede llevar a cabo su amenaza y suelta la pistola, intentando empujar el bote él mismo. Al ver a Silver luchar (y sintiendo que le debe la vida a Silver por salvarlo), Jim lo ayuda a empujar, agitando un adiós vacilante mientras Silver rema hacia alta mar.