Une réimagination de la série classique, MacGyver est un drame d'action-aventure sur Angus "Mac" MacGyver, un jeune homme dans la vingtaine, qui crée le Département des Services Externes, une organisation clandestine au sein du gouvernement américain où il utilise son talent extraordinaire pour résoudre des problèmes de manière non conventionnelle et sa vaste connaissance scientifique pour sauver des vies.
Rejoignant son équipe lors de missions à haut risque à travers le monde, on retrouve l'ancien agent de la CIA Jack Dalton; Patricia Thornton, une ancienne agent de terrain devenue directrice des opérations; et Riley Davis, une hackeuse informatique imprévisible avec une puce sur l'épaule.
À la maison, MacGyver est divertit par son colocataire ambitieux, Wilt Bozer. Sous l'égide du Département des Services Externes, MacGyver prend la responsabilité de sauver le monde, armé jusqu'aux dents de débrouillardise et pas grand-chose de plus qu'un chewing-gum et un trombone.