Yukiteru Amano est un solitaire de 14 ans qui passe une grande partie de son temps à enregistrer sans passion les événements autour de lui dans le "journal" de son téléphone portable. Ses seuls amis sont des amis imaginaires : Dues ex Machina, le "dieu du temps et de l'espace", et Murmur, l'assistant espiègle de Dues. La vie de Yukiteru prend une tournure étrange lorsque son journal commence à enregistrer les événements avant qu'ils ne se produisent et que Dues annonce qu'il n'est pas si imaginaire après tout, et une tournure sinistre lorsque son journal annonce sa propre mort imminente. Il s'avère que Yukiteru fait désormais partie d'un jeu de survie afin de déterminer qui succèdera à Dues en tant que dieu du temps et de l'espace, en concurrence avec 11 autres personnes qui possèdent également des journaux qui prédisent l'avenir de diverses manières. Mais Yukiteru a au moins un allié puissant : Yuno Gasai, une camarade de classe qui, bien qu'elle soit elle-même titulaire du journal du futur, est déterminée à protéger Yukiteru à tout prix. C'est aussi une harceleuse obsessionnelle et peut-être folle qui a son propre Future Diary enregistre chaque mouvement de Yukiteru à dix minutes d'intervalle.