Birdboy: The Forgotten Children est une histoire obscure, perturbante et sombre sur Dinki et ses amis et camarades d'école Sandra et Zorrito, trois enfants qui vivent sur une île isolée au milieu de la mer, dévastée après un désastre dans la centrale nucléaire qui a ravagé la majeure partie de l'île.
À la recherche d'une vie meilleure loin de l'atmosphère suffocante où ils vivent, les trois s'échappent de chez eux avec tout l'argent qu'ils ont réuni, essayant d'arriver à la côte pour payer un navire qui les emmènera sur le continent le plus proche.
En même temps, Birdboy, un autre enfant et un toxicomane poursuivi par la police, essaie d'échapper à sa capture tout en essayant de contenir les démons intérieurs en utilisant des drogues pour se détendre, piégé par des cauchemars horribles et des illusions sur des monstres d'oiseaux noirs.
Pendant que Dinki, Sara et Zorrito voyagent à travers l'île en affrontant tous les dangers et en découvrant l'appauvrissement de l'île et de ses habitants, Birdboy se souvient de la vie avec son père (gardien du phare de l'île) et prend soin du dernier refuge naturel qu'il a créé en secret.
Est-ce que Birdboy pourra vaincre ses démons intérieurs et restaurer la prospérité de l'île avec son refuge? Et est-ce que Dinki, Sara et Zorrito pourront quitter l'île avant qu'il ne soit trop tard pour eux?