Un vent de peste souffle sur l'étendue aride et sablonneuse d'un Japon post-apocalyptique. Alors qu'elle balaie les vivants et les non-vivants, la rouille est tout ce qui reste dans son sillage. La cause de l'état catastrophique du monde serait les spores de champignons. Bisco Akaboshi, connu sous le nom de "champignon mangeur d'hommes", est un archer criminel recherché dont les flèches font instantanément pousser des champignons partout où elles atterrissent. Cependant, il est en vérité un "protecteur de champignons", une personne qui répand des champignons afin d'enrichir la terre et de la ramener à son état antérieur. Aux côtés du crabe Akutagawa et du jeune docteur Milo Nekoyanagi, Bisco s'aventure dans les friches du Japon à la recherche du légendaire "Sabikui", un champignon panacé dont on dit qu'il dévore toutes les formes de rouille.