Alors que Mario, Luigi et la princesse Toadstool sont en vacances à Dinosaur Land, Bowser se présente et enlève à nouveau la princesse. Ainsi, Mario et Luigi, avec l'aide de leur nouvel ami Yoshi, peuvent atteindre de nouveaux sommets pour envoyer Bowser et ses sept enfants une fois pour toutes. Espérons que cette fois, Mario puisse obtenir une cape à partir d'une plume et monter encore plus haut, et doit arrêter de nouveaux ennemis comme Chargin' Chuck, Magikoopa, Fishbone, et plus encore. Vous devez braver des zones audacieuses comme Yoshi's Island, Donut Plains, Chocolate Island, Forest of Illusion, Butter Bridge, Cheese Bridge, Vanilla Dome, Cookie Mountain, Soda Lake et Valley of Bowser et atteindre le château de Bowser et arrêter ce reptile encore une fois !