Il video musicale di "Them Bones" è stato rilasciato nel 1992 ed è stato diretto da Rocky Schenck, che in precedenza aveva diretto il video musicale "We Die Young" per la band. Il video è disponibile sulla versione home video Music Bank: The Videos. Il video è stato anche presentato in un episodio di Beavis e Butt-head (l'episodio Sick) nel 1993) in cui Butt-head afferma che "questo è il video più bello che abbia mai visto". Il video mostra la band che suona in una caverna, apparentemente sottoterra. Di fronte alla band c'è una pozzanghera, in cui si può vedere Staley cantare o vari animali che mangiano o litigano tra loro e un bambino che nasce, che corrisponde al testo "Alcuni dicono / Siamo nati nella tomba".