Il giocatore è il nuovo signore del crimine di Gotham City, costruendo un nome per la loro banda appena costituita. Per aumentare la concorrenza, il giocatore fa uscire l'Enigmista dall'Arkham Asylum con l'assistenza di Catwoman e dei suoi scagnozzi. Altri membri della malavita di Gotham City sentono parlare del giocatore, come Harley Quinn, Mr.Freeze, Killer Croc, The Scarecrow e Bane. Il giocatore assume questi supercriminali altrimenti solitari per lavorare per loro e creare terrore in tutta la città.