46-okunen no koi è una storia d'amore che si svolge su una scala temporale di 46 miliardi di anni. La trama segue la vita di un uomo e una donna che si incontrano e si innamorano in un mondo post-apocalittico. La loro relazione è messa alla prova da eventi catastrofici e da forze oscure che minacciano di separarli per sempre.