Basato sul popolare cartone animato con lo stesso nome, Extreme Ghostbusters: Code Ecto-1 vede Eduardo Rivera e Kylie Griffin in una missione per salvare i loro compagni di squadra rapiti dal conte Mercharior, metà umano e metà demone. Il giovane duo deve esplorare 12 enormi livelli in quattro enormi mondi per trovare gli indizi necessari per localizzare i loro amici scomparsi. Ogni nuova area inizia con una corsa aerea attraverso New York City con l'ambulanza Ecto-1. I giocatori devono raggiungere il luogo infestato entro un determinato limite di tempo. I conducenti esperti possono raccogliere icone bonus di tempo lungo il percorso. Ogni area ha un formidabile boss finale che deve essere sconfitto prima di proseguire. I giocatori devono usare entrambi i punti di forza degli eroi per sconfiggere i boss.