Mandato in prigione dopo essere stato accusato di aver ucciso il Dr. Saotome, creatore di Getter Robo, Ryoma Nagare deve riunirsi con i suoi ex compagni e pilota di Getter Robo quando Saotome ritorna dalla morte e minaccia l'umanità scatenando il suo più grande potere. Drago. I loro sforzi sono vani, tuttavia, poiché non riescono a impedire a una testata nucleare di colpire Shin Dragon, provocando una massiccia contaminazione di Getter Ray che spazza via il 99% della popolazione del pianeta. Tredici anni dopo questa grande catastrofe, l'umanità continua a lottare per la sopravvivenza contro gli invasori. Dal relitto dell'esplosione nucleare emerge lo Shin Getter, pilotato dall'umano artificiale Go. Con i resti dell'esercito giapponese al suo fianco, Go, insieme ai copiloti Kei e Gai, deve usare lo Shin Getter per sterminare gli invasori una volta per tutte.