Quattro anni dopo l'incidente di Twilight nei videogiochi .hack, la stabilità è apparentemente tornata al gioco di ruolo online "The World". Shugo e Rena, fratelli gemelli che vivono separati l'uno dall'altro, acquisiscono misteriosamente i modelli dei giocatori dei .hackers: Kite e BlackRose, rispettivamente. Ma ora i mostri invincibili si sono fatti strada nel gioco, probabilmente come risultato di un gruppo di giocatori canaglia. Shugo riceve il Braccialetto del Crepuscolo, un pericoloso oggetto di alterazione dei dati affidato all'originale Kite. Shugo e Rena, insieme ai loro nuovi amici nel gioco (tra cui Balmung e Sanjuro, due giocatori originali coinvolti nel conflitto di Twilight), tentano di scoprire il segreto di questi eventi evitando anche i Cavalieri di Cerulea, un implacabile team di amministratori di sistema.