2977: Per molti anni una potente battaglia ha imperversato nelle galassie mentre 500 miliardi di umani, i cui antenati furono esiliati dalla Terra, pianificano di tornare in quella che è ancora chiamata casa. Costretti a fuggire da una Terra devastata, gli umani hanno ora impoverito gli angoli della galassia in cui sono fuggiti. La Terra è ora diventata la risorsa più preziosa e preziosa di tutte, controllata dalla corrotta Coalizione Gaia che governa la razza umana attraverso le diverse galassie. Essendo stato esiliato e diffamato durante la battaglia della Guerra del Ritorno a Casa, il Capitano Harlock e il suo fidato equipaggio dell'incrociatore da battaglia Arcadia sono l'unica speranza che l'umanità ha di scoprire i segreti che i Gaia hanno tenuto nascosti. La Coalizione ha chiesto la morte di Harlock e il nuovo leader della Flotta Gaia, Ezra, chiede a suo fratello minore, Logan, di infiltrarsi nell'Arcadia e quindi assassinare Harlock, eliminando così per sempre l'unico uomo che si trova tra la Coalizione e il loro completo controllo dell'Universo. Logan deve fare una cosa molto personale ...