Quando il giovane avventuriero Jak e il suo amico Daxter si trovano in una situazione difficile, chiedono aiuto a Samos the Green Sage. Il Saggio dice loro che quello che hanno trovato a Misty Island è più di un piccolo problema, e se Jak e Daxter non rallentano i malvagi Gol e Maia il mondo potrebbe essere cambiato per sempre: per il peggio assoluto.