Risvegliandosi in un ascensore, senza ricordare nulla del suo passato, Thomas emerge in un mondo di circa trenta ragazzi adolescenti, tutti senza ricordi del passato, che hanno imparato a sopravvivere seguendo un proprio insieme di regole in un ambiente completamente chiuso, vivendo di agricoltura e provviste proprie.
Con un nuovo ragazzo che arriva ogni trenta giorni, il gruppo è stato nel "The Glade" per tre anni, cercando di trovare un modo per fuggire attraverso il Labirinto che circonda il loro spazio vitale (pattugliato da mostri cyborg chiamati 'Grievers'). Hanno iniziato a perdere la speranza quando arriva una ragazza in coma con una strana nota, e il loro mondo inizia a cambiare con i ragazzi che si dividono in due fazioni: coloro disposti a rischiare la vita per fuggire e coloro che vogliono aggrapparsi a ciò che hanno e sopravvivere.