Dopo essere sfuggito alla morte durante la feroce battaglia con l'enorme cefalopode in Mega Shark vs. Giant Octopus (2009), ancora una volta Megalodon, la bestia preistorica dal mare, vaga libero nell'oceano aperto, seminando il caos. Tuttavia, questa volta, un avversario ancora più grande emerge dalle oscure profondità delle miniere di diamanti del Congo, mentre un gigantesco Crocosaurus primevo vede la luce del giorno, lasciando una scia di distruzione sulla sua scia. Inevitabilmente, le due creature da incubo dovranno confrontarsi tra loro e in questo combattimento finale ci può essere un solo vincitore. Il dispositivo ad ultrasuoni del dottor Terry McCormick e la potente Marina degli Stati Uniti sono in grado di scongiurare questa nuova inarrestabile minaccia?