Una classica storia della Principessa Zelda, l'Eroe del Tempo, e Ganon, l'Oscuro Signore, viene raccontata ancora una volta come mai prima d'ora. L'oscurità è caduta su Hyrule quando un giovane discendente di Ganon ha preso il controllo del regno. In preda alla disperazione, la principessa deve rivolgersi a un giovane contadino di nome Link per riprendersi il regno e riportare l'equilibrio nel mondo. Tuttavia, in agguato nell'ombra, una figura oscura e misteriosa ha i suoi obiettivi e non si fermerà davanti a nulla per mettere fine all'antica leggenda.