Dopo quasi 40 anni di falsa prigionia, crudeli test scientifici e diniego da parte del governo degli Stati Uniti, l'Agente X è finalmente di nuovo un uomo libero. A causa di circostanze ancora sotto inchiesta federale, l'agente X è fuggito dalla sua cella di Los Angeles. Alla ricerca di risposte su ciò che è accaduto alla sua famiglia e alla sua vita precedente, ora deve tornare sui propri passi per oltre quarant'anni, ritrovando un nuovo contatto con un mondo in cui è ufficialmente morto e con un governo che nega la sua stessa esistenza.