Riprendendo direttamente da dove si era interrotto Super Mario World 2: Yoshi's Island (1995), dopo che Baby Mario e Baby Luigi sono arrivati a destinazione, la Cicogna scopre di aver consegnato i bambini ai genitori sbagliati e mentre la Cicogna tenta di consegnare i bambini al genitori giusti, Baby Mario e Baby Luigi sono di nuovo separati quando Kamek tira di nuovo un'imboscata alla Cicogna. Mentre Luigi viene rapito, Baby Mario atterra su una nuova isola piena di Yoshi e devono attraversare ancora una volta diverse aree per salvare Baby Luigi e salvare la Nuova Isola di Yoshi dal malvagio Baby Bowser.