Anantaram é um filme que se desenvolve através de um comentário de Ajayan (Ashokan) sobre si mesmo em primeira pessoa. Mais tarde, ele conta outra história sobre sua vida com o mesmo pano de fundo. Finalmente, essas duas histórias se fundem. Ajayan nasceu órfão e foi criado por um médico. Uma criança brilhante, Ajayan cresce introvertido e confuso. A bela Suma (Shobhana) chega à casa deles depois de se casar com Balu (Mammootty), seu irmão adotivo. Ajayan, à primeira vista de sua cunhada, sente atração sexual por ela. Isso cria um conflito interno dentro dele e, no final, ele deixa a casa. Na segunda história, Ajayan narra sua juventude confusa e sobre a bela garota, Nalini, que entra em sua vida. A mente de Ajayan oscila frequentemente entre a realidade e um mundo romântico imaginário. Finalmente, essas duas histórias convergem para um ponto em que tanto Nalini quanto Suma se tornam uma única entidade.