O terceiro capítulo da série Class of Nuke 'em High começa de onde a parte 2 parou. Um esquilo mutante gigante destruiu a usina de Tromaville e Roger Smith salvou o dia. Este começa quando os filhos gêmeos de Roger, Adlai e Dick, nascem. Dick é roubado no hospital e Roger só sabe que seu filho Adlai existe. Dick é criado por bandidos e é ensinado a ser mau, enquanto Adlai é ensinado a ser bom e pacífico. O malvado Dr. Slag, PhD. usa Dick para incriminar Adlai e virar as pessoas contra ele e então transformar Tromaville em um deserto tóxico. Cabe a Adlai frustrar o plano diabólico e salvar Tromaville da destruição.