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O ano é 2071. Seguindo um atentado terrorista, um vírus mortal é liberado na população de Marte e o governo emitiu uma recompensa de 300 milhões de woo-long, a maior recompensa da história, pela captura de quem está por trás disso.
A tripulação de caçadores de recompensas da nave Bebop; Spike, Faye, Jet e Ed, assumem o caso com a esperança de receber a recompensa. No entanto, o mistério em torno do homem responsável, Vincent, é mais profundo do que jamais imaginaram, e eles não são os únicos que o estão caçando.
Os criadores originais do vírus enviaram Electra para lidar com Vincent e eliminar qualquer um que possa descobrir a verdade sobre ele. À medida que a caçada pelo homem sem passado e sem futuro continua a se intensificar, eles começam a questionar o que sobre o mundo é realidade e o que é um sonho, à medida que a linha entre sanidade e insanidade se torna mais aparente.
| Toque | Título | Artista | 
|---|---|---|
| Cowboy Bebop: O Filme | ||
| Ask DNA  | ||
| Cosmic Dare (Pretty with a Pistol)  | ||
| Is It Real?  | ||
| Diggin'  | ||
| Butterfly  | ||
| Gotta Knock a Little Harder  | ||
| Musawe  | 
																					
																							
												Yôko Kanno:
																						
											Performer | |
| 3.14  | 
																					
																							
												Aoi Tada:
																						
											Vocais | |
| Pushing the Sky  | ||