Na história, Doraemon, Nobita, Shizuka, Gian e Suneo partem em uma aventura no Mar do Caribe. Nobita é o capitão de um navio e luta contra seus inimigos a bordo. Shizuka é sequestrado e uma tempestade impede sua jornada. Mini-Dora ajuda Nobita e amigos em sua jornada. Quando os aventureiros finalmente encontram a misteriosa Ilha do Tesouro, eles descobrem que ela é mais do que apenas uma ilha comum.