Um grupo chamado Mobius está conduzindo um projeto para criar o soldado perfeito. A última tentativa que eles apelidaram de J tipo Omega ou J * O * E. O projeto é supervisionado por dois cientistas, um deles é Michael Rourke e um ex-coronel da Marinha A.C. Fleming. Agora Joe é mais rápido, mais forte e mais durável do que qualquer humano, mas falta uma coisa que Mobius considera necessária - um instinto assassino. Quando Joe falha repetidamente em executar alguém, o projeto é considerado um fracasso e Joe deve ser encerrado. Mas Fleming, que pensa em Joe como um filho, reluta em fazê-lo, e Michael Rourke, que não acha que Joe é um fracasso, leva-o e se esconde em algum lugar, onde Rourke possa ensinar Joe sobre o mundo fora de Mobius. Eles oferecem seus serviços como soldados da fortuna. Quando uma de suas operações chega a Mobius, eles ainda querem que Joe seja encerrado, então enviam o Coronel Fleming para executá-la. Mas ele realmente vai fazer isso?