On yedi yaşında bir usta dedektif olan Shinichi Kudo her şeye sahipti. Dikkatine sunulan herhangi bir davayı rekor sürede çözebilirdi. Lise arkadaşı Ran bir karate uzmanıdır ve babası beceriksiz bir P.I. Shinichi'nin tüm büyük davaları alması gerçeğiyle çıldırıyor. Bir gün Shinichi ve Ran bir eğlence parkındayken ikili ayrılır. Shinichi, kirli bir anlaşmanın bittiği haberini alır ve koyu renk trençkotlu bir çift adamı gözetler. Yakalanır ve adamlar onu öldürmek için deneysel bir zehir kullanırlar. Ancak işler tam olarak planlandığı gibi gitmez. Shinichi kendine geldiğinde, bir dördüncü sınıf öğrencisi kadar küçüldüğünü fark eder. Yardım için yan komşusu olan goofball mucitine gider ve mucit ona yardım etmeyi kabul eder. Ran, Shinichi'yi aramaya geldiğinde, o ve mucit, Shinichi'nin Conan Edogawa (Conan, Sir Arthur Conan Doyle'da olduğu gibi) adında bir çocuk olduğunu söyleyen bir hikaye bulur. Ran, "Ailesi" uzaktayken "Conan"ın ailesiyle birlikte yaşamasına izin vermeyi teklif eder. Shinichi daha sonra bir gün kendisini zehirleyen adamları bulmayı ve panzehiri almayı kendine görev edinir. Böylece serinin arka planı sona eriyor. Her bölümde, Conan, tüm iyi dedektif şovları tarzında farklı bir vakayı çözerek, izleyicinin gerçek kimliğini bir sır olarak saklamaya çalışırken, kötü adamın kim olduğunu tahmin etmesine yardımcı olacak ipuçları veriyor.